Para 1999 se habían reportado 35 trabajos de investigación en Guatopo (Carlsen 1999), lo cual evidencia poco interés por parte de los investigadores en comparación con otros parques nacionales como El Ávila. Entre estos destaca, por su importancia y contenido, el trabajo realizado por Edgard Yerena. En este trabajo se hizo una caracterización y análisis de los recursos naturales del parque, incluyendo un estudio completo sobre los aspectos de geología, relieve, clima, aguas, vegetación y fauna, se realizó una propuesta para la zonificación en un plan de ordenamiento y se elaboraron las bases para un plan de manejo biológico, enfocado principalmente en la investigación y el monitoreo de los recursos de flora y fauna (Yerena 1985).
Entre las investigaciones realizadas acerca de la biodiversidad del parque se encuentran: un estudio sobre la composición florística de la vegetación de los bosques ombrófilos siempre verdes realizado por Argelia Silva, Gerardo Aymard y Winfried Meier en 1993. En este trabajo se comparan dos parcelas del bosque, una que estuvo sometida a actividades agrícolas y otra que contenía especies propias del bosque primario (Silva y col. 1993).
Una lista de aves de Guatopo fue elaborada por Miguel Lentino, Alejandro Luy y Mary Lou Goodwin, en el cual se reconocen 403 especies (Lentino y col. 1993), y un inventario de fauna silvestre e ictiofauna fue realizado por el Ministerio del Ambiente y de los Recursos Naturales con la finalidad de hacer una estimación preliminar del impacto ambiental de la construcción del embalse de Taguaza sobre la fauna silvestre y acuática (De Sola y col. 1996). Otro trabajo destacado fue realizado por González-Sponga (1997), el cual determinó la existencia de una nueva especie de arácnido nombrada como Schizomus yolandae.
También se han realizado trabajos de grado para obtener la Licenciatura de Biología, enfocados en comunidades de aves. Uno de ellos fue realizado por Anne Marie Herrera sobre comunidades insectívoras, y otro por Antonio Briceño sobre comunidades de colibríes (Novo y col. 1997).
Más recientemente se realizó un estudio preliminar sobre una propuesta de ampliación del parque formulada por Edgard Yerena, Carlos Guariguata y Jorge Padrón, en la que se plantean incluir dentro de Guatopo a sectores de la Fila del Bachiller hacia el este y del Cerro Golfo Triste hacia el oeste (Yerena y col. 2000). En particular, en el Cerro Golfo Triste nacen los ríos Cura, Tunapuey y Zuata, los cuales drenan hacia el embalse de Camatagua, que aporta la mayor parte del agua para la ciudad de Caracas, así como los ríos Tarma, Caisito y Súcuta, que forman parte de la cuenca del Río Tuy (Nehlin 2004).
Actualmente no están realizando trabajos de investigación en la zona, con excepción de los monitoreos de los niveles de los embalses de agua que son realizados periódicamente por HIDROCAPITAL, empresa estatal que está a cargo de su administración. Por otra parte, existe un interés de realizar investigaciones a corto plazo por parte de la Fundación Instituto Botánico de Venezuela y de la Universidad Simón Bolívar.
