El Parque Nacional Cerros de Amotape se constituye en una pieza clave del corredor biológico compuesto por la Zona Reservada de Tumbes y el Coto de Caza El Angolo, áreas protegidas que conforman la Reserva de Biosfera del Noroeste, de la cual el parque nacional es su zona núcleo. El parque nacional asegura la conservación de los ambientes naturales del extremo norte del Perú.
Una de las amenazas de mayor seriedad es la extracción de madera. Los productores de pisos de parquet y el mercado ecuatoriano constituyen la principal demanda del producto. Hay caminos a pie desde diversos lugares del área protegida que se dirigen hacia Ecuador, por donde llevan la madera en burro para su venta. En la parte sureste del parque se da también una importante actividad de extracción de madera. Así mismo, la producción de carbón es una actividad que afecta a los bosques en la región. Es urgente y necesario atender estos problemas para disminuir las amenazas sobre el área protegida. Se debe establecer un control eficiente sobre el manejo del recurso forestal en los alrededores del área protegida. Debe darse un mayor control sobre las parqueteras, los aserraderos que se dedican a la producción de parquet para pisos. En base a lo establecido para una categoría de máxima protección, en un parque nacional no está permitido la extracción de madera, por lo cual el control deberá ser estricto y las sanciones ejemplares.
La extracción de carbón deberá ser también estrictamente controlada. Esta deberá ceñirse a lo establecido en los planes de manejo que la ley requiere. No se debe permitir la extracción y producción de carbón del interior del área protegida. Fuera del área protegida, el manejo de la actividad deberá ser cuidadosamente monitoreada.
La presencia de ganado en el interior del área protegida ha generado una situación tensa entre la administración del área protegida y los ganaderos. La ganadería es una actividad de importancia económica en la región. La gente que posee ganado deja sueltos a sus animales para que se alimenten de pastos y hierba dentro del área protegida generando impactos sobre el bosque. La mayor dificultad de este problema es que siguen llegando ganaderos a la región quienes meten sus vacas y cabras al interior del área protegida. Es necesario impedir que sigan ingresando ganaderos al interior del área protegida, tanto de ganado vacuno como caprino. Aquellos ganaderos que ingresaron después de la declaración del área protegida deberán ser retirados y desalojados. Aquellos que están antes de la creación del área protegida, deberán llevar a cabo un manejo sostenible del ganado y comprometerse a cumplir las directivas establecidas por la Intendencia de Áreas Naturales Protegidas del INRENA. Deberá impedirse de manera muy estricta el ingreso de ganaderos ecuatorianos, el rol que juega la Policía Nacional y el Ejército en la frontera es fundamental para solucionar este problema.
La contaminación de la zona se da por dos fuentes principales, por un lado los residuos sólidos y basura que generan los asentamientos humanos y que son vertidos directamente al campo, y por otro lado la contaminación del río Tumbes por efectos de la minería aurífera presente aguas arriba en Ecuador y por la basura que los poblados ecuatorianos arrojan al río y que llega traída por la corriente al interior del área protegida en el Perú. La contaminación por basura y residuos sólidos provenientes de los poblados deberá ser atendida por los municipios correspondientes. La contaminación de pozas, quebradas y ríos con venenos químicos utilizados para la extracción de camarón es un delito penado por la ley. Las autoridades deberán actuar estrictamente y sancionar en forma ejemplar a aquellos que sean sorprendidos envenenando quebradas. La contaminación del río Tumbes involucra una problemática con el Ecuador, cuya solución va más allá del alcance de las autoridades peruanas. Cualquier coordinación en este sentido deberá hacerse a través de la cancillería y en el contexto de programas de desarrollo bifronterizo.
Toda la extracción ilegal de productos del bosque y la cacería ilegal deberán ser combatidas y controladas para buscar su erradicación. Paralelamente deberá haber un programa de interdicción para combatir la comercialización ilegal de productos del bosque. La policía y la guardia de frontera deberán ser informados y capacitados para llevar a cabo operativos de control en forma constante. En relación a la presencia de especies exóticas, es recomendable el establecimiento de un programa de erradicación de especies exóticas tanto del interior del parque nacional como de sus zonas circundantes.
El Parque Nacional Cerros de Amotape alberga ecosistemas muy frágiles, que son únicos para el país. Las actividades que se llevan a cabo en su interior y alrededores hacen que el área protegida se encuentre en una situación de amenaza. Existen condiciones para revertir los factores que impactan negativamente los recursos naturales del área. El INRENA cuenta con presencia en la zona, tanto la Policía Nacional como el Ejército tienen puestos de control fronterizo alrededor del área protegida y existe cierto nivel de conciencia local sobre medio ambiente y el parque nacional. Esto deberá ser aprovechado para llevar a cabo un trabajo conjunto de conservación con la participación de los diversos sectores involucrados, que garantice la protección real del parque nacional.
