La Reserva de la Biosfera Pantanos de Centla se localiza al noreste del estado de Tabasco. Forma parte del delta de los ríos Grijalva y Usumacinta. Limita al norte con el Golfo de México en la desembocadura del río San Pedro y San Pablo y con la ciudad de Frontera; al este con el estado de Campeche; al sur con el río Los Bitzales hasta su unión con el río Grijalva; y al oeste con el arroyo Las Porfías y la carretera Villahermosa - Ciudad del Carmen. Su superficie es de 302,706 ha y ocupa los municipios de Centla (225,108 ha), Jonuta con (65,651 ha) y Macuspana (6,280 ha), lo que representa el 12.27% de la superficie total del estado Tabasco (Sánchez et al. 1988; INE, 2000).
La Reserva se encuentra ubicada en la región hidrológica Grijalva-Usumacinta. Los ríos más importantes de la Reserva son el Grijalva, con un volumen anual de 27.013 millones de metros cúbicos, y el Usumacinta con 55.832 millones de metros cúbicos, el más caudaloso de México (INE, 2000). Al centro, norte y este, la Reserva es drenada por distributarios del Usumacinta como son el Palizada, San Pedrito y San Pedro y San Pablo (Gómez-Pompa et al. 1995; Vásquez et al. 2000).
Por su nivel de descarga, el Delta Usumacinta - Grijalva, está considerado como el sistema más importante de Norteamérica y Centroamérica y tiene el séptimo lugar a nivel mundial (Sánchez et al. 1988). En cuanto a las lagunas costeras destacan la del Cometa, que drena hacia el río San Pedro y San Pablo; el Coco, hacia el Grijalva; y el Corcho (Municipio del centro) que desaloja sus aguas hacia la laguna Santa Anita. Estas lagunas son de extensión reducida, sin embargo, juegan un papel primordial en el ciclo de vida de muchas especies marinas y dulceacuícolas.
Los suelos de la Reserva son el resultado de la influencia de tres factores: la acumulación aluvial de sedimentos, el agua aportada por los ríos debido a las altas precipitaciones en la cuenca media y alta, así como a los tipos de vegetación (INE, 2000).
El clima que presenta la Reserva es cálido húmedo y subhúmedo con lluvias abundantes en verano, la temperatura media anual es de 25,9 °C. Existen dos periodos de secas, el mayor de marzo a abril y uno relativamente seco en julio y agosto. La topografía es plana y va de una altitud de 0 a 7 msnm (INE, 2000).