Pantanos de Centla fue decretada área natural protegida, bajo la categoría de Reserva de la Biosfera, el 6 de agosto de 1992 con una superficie de 302,706 ha. El programa de manejo fue publicado en febrero del año 2000. El documento es amplio y contempla las características físicas del área, aspectos biológicos, socioeconómicos de infraestructura, diversos componentes de manejo y administración, así como listados de flora y fauna.
La institución responsable de administrar y manejar la Reserva es la Comisión Nacional de Áreas Naturales Protegidas (CONANP) que es un órgano desconcentrado de la Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales (SEMARNAT). La reserva cuenta con un grupo básico de cinco personas asignado por la CONANP, que consta de un director, un subdirector, un administrativo, un jefe de departamento y un técnico operativo. Otro personal asignado al área son seis guardas que realizan tareas de vigilancia, aunque no tienen autoridad legal para sancionar a los infractores y un técnico, todos de la organización no gubernamental, Espacios Naturales y Desarrollo Sustentable (ENDESU) (CONANP 2000, CONANP 2001).
En el área donde confluyen los ríos Usumacinta, Grijalva, y San Pedrito, "Tres Brazos," se localiza la estación de campo central. Está dotada de mobiliario y equipo para el apoyo de servicios. Tiene un albergue para 32 personas que realicen investigación y capacitación, además de un laboratorio, sala de usos múltiples, y un área para la administración que cuenta con una biblioteca. La infraestructura cuenta con una bodega y un muelle. Existe transporte fluvial y terrestre, dos torres para avistamientos de incendios y monitoreo de aves y un centro de interpretación de los pantanos (Casa del Agua).
El decreto de la Reserva divide al área en dos zonas núcleo y una de amortiguamiento. La Zona Núcleo I se ubica al sur ocupando una superficie de 57.738 ha. La Zona Núcleo II está al norte con una superficie 75.857 ha. El decreto establece que estas áreas no se podrán autorizar obras públicas o privadas; interrumpir, rellenar o desecar flujos hidráulicos; realizar actividades cinegéticas o de aprovechamiento de especies de flora y fauna. La zona de amortiguamiento envuelve a las dos zonas núcleo con una superficie de 169.111 ha (INE, 2000). En esta área queda manifiesto que no se podrán establecer nuevos centros de población y los aprovechamientos de flora y fauna quedan regulados por la SEMARNAT.
Los limites legales del área protegida se encuentran en las coordenadas geográficas 17º 57' 53", y 18º 39', 03" de latitud norte y 92º 06' 39", y 92º 47' 58" de longitud oeste.
