Los Pantanos de Centla junto con los humedales de Campeche forman la zona de mayor superficie inundada y con importantes comunidades de plantas adaptadas a vivir en ambientes acuáticos. Es la reserva de vegetación acuáticas más diversa de toda el área de Mesoamerica. Para México, es la cuenca hidrológica más importante y se encuentra entre las primeras siete del mundo, tanto por sus dimensiones, como por el volumen que alcanza su descarga. Estos atributos han llevado al gobierno mexicano ha adquirir compromisos internacionales para garantizar la conservación de los humedales, en 1995 firmó el documento de adhesión a la Convención de RAMSAR.
Consideramos que las amenazas citadas a lo largo del documento ponen a Pantanos de Centla como un área Críticamente Amenazada, por lo que se requieren soluciones urgentes para proteger y mantener su diversidad biológica.
Algunas de las amenazas más importantes que se presentan en las dos Zonas Núcleo son la presencia de asentamientos humanos, la industria petrolera de PEMEX y las actividades productivas de los habitantes locales como la pesca, la ganadería, la caza de fauna silvestre y la deforestación de la vegetación acuática. En ParksWatch creemos que la zonificación actual en el área, de alguna forma ha creado un ambiente de confusión y de falta de claridad en la aplicación del Reglamento Administrativo, por lo que las actividades de aprovechamiento de los recursos de flora y fauna e industriales se amparan en que el programa de manejo les permite seguir haciendo uso de esos recursos, de forma "regulada" pero que en realidad no funciona así y se llega a la sobreexplotación, entre otras causas por la falta de personal y aplicación de la ley.
Nuestra perspectiva es que se debe considerar una nueva zonificación que excluya las principales amenazas de las áreas que se consideren como núcleo, además de trabajar muy de cerca con las comunidades en programas de educación ambiental y de difusión de las normas que regulan a las diferentes zonas de la reserva de la biosfera. Otra alternativa que vemos es lograr en el mediano plazo el cumplimiento de las reglas en las Zonas Núcleo y de Amortiguamiento, paro lo cual se requeriría de un trabajo intenso con las comunidades y llegar a cuerdos de conservación, además de un gran compromiso por parte de la PROFEPA y la Dirección de la Reserva para contratar más personal que actué conforme a la normatividad establecida por la LGEEPA y mantenga operativos permanentes de inspección y vigilancia dentro de los límites del área.
Sin duda es importante pensar en otras alternativas económicas que lleven a las comunidades locales fuentes de empleo, mayor diversificación productiva y que disminuya algunas de las presiones sobre la flora y la fauna. Si bien es cierto que el tema del ecoturismo se ha manejado en diferentes foros y documentos, hasta la fecha no se ha generado un proyecto sólido que represente un atractivo importante para los visitantes. Un grupo con experiencia en capacitación sobre turismo es el RARE Center que ya apoya iniciativas en otras áreas naturales protegidas de México.