La reserva esta dividida en dos secciones por la carretera federal No. 200 Barra de Navidad a Puerto Vallarta; al este de la carretera está la sección I denominada Chamela y al oeste la sección II llamada Cuixmala. Se localiza en la costa del estado de Jalisco, a aproximadamente 120 km de la Ciudad de Manzanillo, Colima. Se sitúa en la provincia Sierra Madre del Sur y subprovincia Sierras de la Costa de Jalisco y Colima. Su extensión es de 13.142 ha y la altitud va de 0 a 500 msnm. La temperatura media anual es de 24.6 ºC, el promedio máximo anual es de 30 ºC y el mínimo de 19.5 ºC. La precipitación es de 788 mm, con una variación interanual que va desde 453 mm hasta 1.393 mm, esta gran variación es debida al efecto aleatorio de los patrones de incidencia de los ciclones tropicales en la parte central de la costa del Pacífico (García-Oliva et al. 1991). La estacionalidad es muy marcada con periodos de lluvias de julio a octubre y de seca de noviembre a junio bien definidos.

El bosque se caracteriza principalmente porque pierde sus hojas durante un periodo de cinco a ocho meses del año, el estrato arbóreo presenta una altura de ocho a 12 m, ramificándose a baja altura (Trejo y Dirzo 2000). En México este bosque es conocido como selva baja tropical caducifolia o "tropical dry forest."

La reserva Chamela - Cuixmala pertenece a la ecoregión de las Selvas Secas de Jalisco, México. Los hábitat representativos son la selva baja caducifolia, la selva mediana subcaducifolia, la selva riparia y los humedales (Dinerstein et al. 1995).

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