La Reserva fue declarada oficialmente en 1990 por el Congreso de la República según Decreto N° 49-90 (Guatemala, 1990) y, ese mismo año, el programa del Hombre y la Biosfera (MAB) de la UNESCO la incluyó dentro de la Red Mundial de Reservas de la Biosfera (UNESCO, 2002.) La creación de la RBSM se enfrentó a los intereses de los propietarios de tierra, dentro del área de reserva, quienes querían seguir extrayendo la madera sin restricciones, pues la nueva ley les vedaba el uso de la tierra dentro de la reserva, sin darles ninguna compensación monetaria. Los propietarios argumentaban que el Decreto que instituía la RBSM era inconstitucional ya que iba contra el derecho de propiedad privada (inscrito en la Constitución de la República. En 1991 se instruyeron dos procesos diferentes contra la RBSM que pasaron a la Corte de Constitucionalidad, la que refutó los argumentos de los propietarios, pues la Constitución de la República estipula también que el bien común prevalece sobre el bien individual, y confirmó la existencia legal de la RBSM.
La Sierra de las Minas cuenta con un plan maestro quinquenal y planes operativos anuales, los cuales son aprobados por CONAP. Entre los programas de manejo se incluyen los de la protección de ecosistemas, manejo de recursos naturales sostenibles, educación ambiental y extensión comunitaria, investigación científica y administración. El Plan Maestro actual tiene vigencia hasta marzo del 2002, por lo que actualmente se está finalizando el que va a regir los próximos 5 años (Tot, 2002, com. pers.).
La administración de la Reserva de la Biosfera Sierra de las Minas fue delegada en la declaratoria a una junta directiva integrada por un representante de la Secretaría Ejecutiva del Consejo Nacional de Áreas Protegidas (CONAP), otro de la fundación Defensores de la Naturaleza, un representante de cada uno de los Consejos Departamentales de Desarrollo Urbano y Rural de los departamentos del área declarada, un representante de los propietarios de tierras dentro de la Sierra y un representante de las comunidades indígenas del área (Guatemala, 1990).
La misma ley designó a Defensores de la Naturaleza para actuar en la secretaría ejecutiva y al CONAP como presidente de la Junta Directiva. Sin embargo, la Junta Directiva nunca fue conformada debido a que el reglamento aprobado por el gobierno fue emitido de tal forma que obstaculizaba efectivamente el funcionamiento de la junta (Tot, 2002, com. pers.) Debido a que la junta nunca se constituyó, Defensores de la Naturaleza es el actual administrador del parque, que actúa bajo la , bajo la supervisión de CONAP. Este hecho también ha provocado que se tenga la impresión de que fue a la Fundación Defensores de la Naturaleza a quien se le delegó el manejo del área protegida (Núñez, 2000; Secaira et al., 2000), lo cual es cierto sólo parcialmente.
La administración de la RBSM se divide en tres diferentes distritos que corresponden a las diferentes cuencas departamentos y grupos poblacionales: el distrito Motagua, al sur (jurisdicción departamental de Zacapa e Izabal); el Distrito Polochic al norte (jurisdicción departamental de Alta Verapaz y e Izabal) y el Distrito Chilascó en la parte occidental de la Sierra (jurisdicción departamental de El Progreso y Baja Verapaz).
La reserva esta dividida en cuatro zonas de uso: zona núcleo, zonas de recuperación, de amortiguamiento y de usos múltiples. El objetivo de cada una de estas zonas está definido en el Plan Maestro de la Reserva de la Biosfera Sierra de las Minas (FDN, 1997) de la siguiente forma:
La zona núcleo, con un área aproximada de 112.000 ha. Está dedicada a la preservación del medio ambiente, la conservación de la diversidad biológica y la preservación de las fuentes de agua. En ella se permiten únicamente la investigación científica y el turismo ecológico, y se prohíben actividades extractivas y asentamientos humanos.
La zona de uso múltiple, con un área de 34.600 ha. Los objetivos son mantener la cobertura forestal, y lograr el uso y manejo sostenible de los recursos. Se prohíbe el cambio de uso del suelo.
La zona de recuperación con 4.200 ha, que persigue la regeneración de la cubierta forestal de algunas áreas que se encuentran seriamente dañadas por actividades humanas. Una vez recuperados, los bosques se destinarán para producción o para protección según cada caso.
La zona de amortiguamiento, que cubre 91.800 ha, tiene como objetivo lograr el uso y aprovechamiento sostenible de los recursos, y la participación y educación de las comunidades para proteger la zona núcleo.
Actualmente, Defensores de la Naturaleza cuenta con 44 trabajadores para la Sierra de las Minas. Treinta y cinco de ellos son guardabosques, de los cuales 20 han sido cedidos por CONAP (Paiz, 2002, com. pers.; Tot, 2002, com. pers.) 5 personas se dedican al trabajo con comunidades, mientras que las restantes pertenecen al área administrativa, contando con un director del área protegida y una asistente en la oficina de San Agustín Acasaguastlán. Además, Defensores de la Naturaleza tiene un director de áreas protegidas, encargado de coordinar las cuatro áreas protegidas que maneja la Fundación, así como un director de desarrollo. Estos dos últimos, aunque relacionados con la Sierra de las Minas, no se dedican a tiempo completo al manejo del área protegida.
El presupuesto para la conservación de la Sierra de las Minas es de Q. 3.000.000 (aproximadamente US $ 387.000) (Tot, 2002, com. pers.), compuesto por donaciones de particulares, empresas, fondos del Consejo Nacional de Áreas Protegidas y del manejo financiero de un fideicomiso.
Los fondos para el área han ido declinando, por lo que se han puesto en marcha nuevos mecanismos de recaudación, como la venta del servicio de agua que presta la reserva a industrias y comunidades aledañas. La capacidad de recaudación de Defensores de la Naturaleza es uno de sus rasgos más destacables, por lo que es probable que en el futuro el presupuesto para el área pueda aumentar.
En 1995, los ingresos de Defensores de la Naturaleza se distribuyeron de la siguiente forma: 51% en protección, 13% en desarrollo sostenible, 6% en educación ambiental, 5% en investigación, 6% en actividades forestales y 13% en administración (FDN, 1995a.)
Desde 1992 ha habido también varias organizaciones gubernamentales y no gubernamentales que han apoyado con actividades de educación ambiental, conservación y aspectos técnicos. Cabe destacar el apoyo del Servicio Forestal de Estados Unidos, que capacitó a 58 personas y 8 brigadas voluntarias en el manejo de fuego y, junto con AID, ayudó a combatir al gorgojo del pino (Dendroctonus Frontalis y D. adjuntus), plaga que afecta a los pinos de la Sierra (Cano, 2001).
Algunas municipalidades también han aportado apoyo al área. En el 2001 la municipalidad de Panzós otorgó a Defensores de la Naturaleza un usufructo por 25 años para ubicar la sede del Distrito Polochic, mientras que la municipalidad de San Agustín Acasaguastlán dio un usufructo por 30 años para la sede de la RBSM.